SMK Katolik Santa Maria dibuka berdasarkan Surat Persetujuan Pendirian oleh Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat Nomor : 016/I14/Kep/1998, tanggal  28 Februari 1998. SMK Santa Maria lahir sebagai respon atas permintaan masyarakat terutama lulusan SMP. Rupanya tidak semua lulusan SMP menaruh minat ke SMA. Tentu saja berdirinya SMK Santa Maria tidak terlepas dari perjuangan Ibu Natalia Hendry, S.Pd. yang saat itu menjabat sebagai Kepala SMP Santu Petrus dan Bapak Wijaya Tandra, S.H.,M.M. yang saat itu selaku Ketua Yayasan Pendidikan Kalimantan. Membutuhkan pengorbanan tentu saja, baik waktu, tenaga dan pikiran. Maka selayaknyalah kita sebagai generasi penerus, harus berjuang keras untuk melanjutkan perjuangan beliau. Hingga pada bulan Juli 1998, SMK Santa Maria Pontianak membuka pendaftaran dan siap melaksanakan kegiatan belajar mengajar pada bulan Juli 1988. Lahir pada masa di mana Indonesia dilanda multi krisis, khususnya sosial ekonomi. Walaupun demikian kegiatan belajar berlangsung dengan tertib dan aman.

SMK Santa Maria berkonsentrasi pada bidang Manajemen dan Bisnis dengan tiga jurusan yaitu: Penjualan, Akuntansi dan Sekretaris. Dengan jam belajar dimulai 12.30 sampai dengan 17.20, berlokasi di Jalan Karel Satsuit Tubun, No. 3 Pontianak.

Pada awal beroperasi, SMK Santa Maria menggunakan sebagian lokasi komplek SD/SMP dan sebagian lainnya di komplek SMA. Sedangkan kantor guru terletak di depan aula  atau laboratorium IPA. Kantor guru SMK dibangun persis di atas bak air ( saat ini lokasi kantor guru dan aula sudah dalam proses rejuvenasi. 

Proses rejuvenasi merupakan salah satu upaya yang dilakukan oleh Yayasan Pendidikan Kalimantan untuk meningkatkan kualitas prasarana penunjang layanan pendidikan. Terkait dengan hal tersebut, maka pada tahun pelajaran 2018/2019, SMK Santa Maria akan menempati gedung Sentra Belajar yang lokasinya berdekatan dengan Persekolahan Kunzhong yang tentu saja sangat representatif.

SMK Santa Maria yang berada di naungan Yayasan Pendidikan Kalimantan, di bawah pembinaan Pastoran CDD pada hakikatnya merupakan Sekolah Menengah Kejuruan, yang sejak dini berkomitmen menghasilkan tenaga kerja tingkat menengah, melalui program kegiatan intrakurikuler dan ekstrakurikuer.

Selain itu SMK Santa Maria juga mengembangkan program suplementasi dengan menggandeng beberapa mitra usaha dan mitra pebelajar seperti : UPTD IPTEK BAHASA, PT Indosat Ooredoo, Mindlight Class, Bank  Permata, Bank Indonesia, Neo Hotel dll untuk penyelenggaraan program Fotografi, BII, Forex, Interview Career, kunjungan belajar dll. Ini semua kami selenggarakan untuk mengembangkan kemampuan kognisi, afeksi dan psikomotor yang andal.

Dalam pelaksanaannya, sesungguhnya tuntutan belajar SMK lumayan berat. Para siswa dituntut untuk lebih matang dan mandiri menjalankan tugas di luar rumah maupun di luar Sekolah. Tanpa kedisiplinan tinggi, tuntutan belajar di SMK tidak terpenuhi dan tidak mustahil muncul berbagai hal yang tidak kita kehendaki. Namun demikian didukung manajemen yang andal, semuanya bisa kita tanggulangi.

“Kerja keras, kerja cerdas, kerja ikhlas.. itu komitmen kami, Tetap Bersemangat itu semboyan kami. Maju bersama SMK Santa Maria BISA.”